ＡＰの配布を考慮した場合

ClickOnceとかWindowsInstallerとかで配布することを考えると、どうしても今の案件のようなファイル構成というのはあまり相性がよくない。良くないというか発想が間違っている（ｗ

今みたいに画面単位＝Exeファイルという構成がどう考えてもマズイ。
そうなると基本的にシステムとしてはExeファイルは一つで、画面単位はDllファイル一つ（もしくは複数を合併）させた形でないと、Vista以降の環境においてはどうやっても問題が出てくるなぁ。

「インストール時に制限すればいいんじゃね？」

という考えもあることはあるけど、それはシステムを提供する側としては問題アリだと考えるんだよなぁ。完全にこっちの都合だし。
アプリケーション（またはソリューション）を「どこにインストールするか」は、そのクライアントＰＣの利用者が決めることであって、開発者が決めることじゃないのがあるべき形だと思う。

というか、自宅ＰＣとかで考えてもらえば、普通のソフトはそうなっているじゃないの？なんでそれを業務用だからといってルールを変えようとするんだろうね。どっちもWindows上で動くソフトなんだけどなぁ。